传染病在古代也是十分可怕的灾难。东汉末年，传染病肆虐，每隔几年就有一起甚至多起传染病流行。在著名的赤壁之战中，曹操的军队于秋天来到当时的血吸虫病流行区域，冬天作战之时，将士染病近半数。清朝是一个传染病高发期，几乎每隔一年就发生一次疫情。尤其是公元1910年的东北鼠疫，死亡6万余人。

公元前556年秋天，宋国出现了一种怪病，这种病的症状不仅在人的身上表现出来，也在狗的身上表现出来。人们逐渐意识到这种病可能与狗有关，于是联合起来于10月24日驱逐这些“狾狗”。这就是我国现有典籍上首次记载的传染病——狂犬病。

很多古籍记载传染病的发生和防治情况，记载古代疫情的文献很多，《尚书》、《诗经》、《国语》、《左传》、《史记》和《汉书》中都有部分疫情记载。《五行志》里记载传染病的发生和防治情形。从这些书籍记载来看，我国古代十分注重防治结合，尤其在国家安定、力量较强的时期，对传染病的控制最为有效。

《论衡》告诫人们不能吃老鼠碰过的东西；《金匮要略》则指出，决不能吃被虫子、蚂蚁咬过的掉在地上的果实；《淮南子》总结民间经验，认为被打死的病犬不可以投入水中，否则会污染水源。古代城市污水也受到重视，据说西汉萧何在未央宫修建了下水沟；为了减少城市灰尘，还制造了类似洒水车的“翻车渴乌”。

秦朝创造隔离防疫法

秦朝十分注重用法律来控制传染病。秦律的规定，凡麻风病人都要送往“疠迁所”隔离起来。西汉时碰到疾疫，也采取了及时的隔离措施，以防传染。晋朝为保护皇帝及朝廷官员，规定官员家中发生传染病，如有三个以上的亲属被传染，即便官员自己没有被传染，也不得入宫，为期100天。

公元568年，河南汲郡首次出现了寺院传染病院。在西山寺，僧人们设立病房，“收养疠疾”患者。北魏先“于别坊遣医救护”，后又成立医馆。南齐还出现了私人医院，以弥补国家力量的缺失。隋朝与秦类似，专门为麻风病人设立“疠人坊”。唐时，疫情发生后，政府采取赠药、埋葬和再交通要道上晓谕药方的办法来加以控制。寺院中设立医院也很盛行，武则天还设专使加以管理。

北宋时期首次出现接种疫苗

最重视防疫和治疫的莫过于两宋。宋人己意识到“煎水”可以消灭疾病源头。儿童从小被教导上厕所要除掉上衣，且“下必浣水”，粪便也会传播疾病，因此杭州城里有专门的收粪人，有力的保障了城市的清洁卫生。宋朝对监狱卫生也空前的重视，规定每五天就要打扫一次，甚至连犯人的枷锁都要清洗于净。《太平圣惠方》还告诫人们，春末夏初是狂犬病高发期，碰到疯狗一定要赶跑。

两宋前后有各种职能不尽相同的医疗机构，如养济院、福田坊、将理院和安济坊等。一些医学教育机构在疾疫发生的时候也承担治疫任务，如中央的太医局。地方上，州县设医学校，有疾疫时负责安置、隔离和救治病人。除此之外，浙江地区的私人医院十分盛行，其代表是苏轼创办的“安乐坊”，主要也是起到隔离和救治作用。

当时皇帝对民间疫情的重视也超过以往。宋仁宗为了治疗京师大疫，不惜将留给自已的名贵药材分发给百姓。两宋时还大量修订、编撰和印行医书。公元1057年，朝廷还设立“校正医书局”，运用当世著名医家的力量，对历代重要的医学典籍进行系统的整理和再版。由政府出面整理和推广医书和药方，这在全世界都是一个惊人的创举。据说北宋时还首次出现了接种天花疫苗的案例。

康熙亲自研究的天花

明朝是对中医历史上传染病研究有重大进展的一个朝代。这一时期涌现了大量传染病学的专家，他们总结了经验，分别出版了专门研究瘟疫、痘疹、麻风病、梅毒和疟疾等传染病的医学专著。明朝隆庆年间，宁国府太平县一位不知名人士传出了种痘的预防法。虽然种痘的方法还在摸索之中，推广的地区也不够广泛，但这毕竟是中国古代预防传染病的一大进步。在设置医事机构方面，明朝大多沿袭元代的做法，但国家在治疫防疫方面发挥的作用日渐变小，许多原本为日常需要的医疗机构却只有在重大疫情发生之时才能被启用。

到了清朝，仅有少数惠民药局还在发挥作用。与此相对应的是，明朝中期以来，地方人士在防疫治疫方面扮演着越来越重要角色。清朝唯一显得活跃的是天花防治，不仅设立了“查痘章京”，康熙皇帝还亲自研究了天花，大力推广种痘法。不过，同治皇帝劫依然死于天花。